Cómo facturar como médico o dentista autónomo: IVA exento y VeriFactu

El IVA sanitario parece sencillo hasta que llegas a los casos raros. Aquí los tienes todos.

Si eres médico o dentista autónomo, la respuesta rápida sobre el IVA es: exento. Pero "casi siempre" no es "siempre". La medicina estética, los informes periciales, la nutrición clínica y el blanqueamiento dental tienen tratamientos distintos, y confundirlos puede salirte caro.

Esta guía cubre la casuística completa, incluyendo cómo reflejar las exenciones en tus facturas VeriFactu.

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Checklist rápido para médicos y dentistas autónomos

Resumen rápido de lo que aplica en tu caso:

• ¿Estás obligado a VeriFactu? Sí, si facturas con software propio y no usas el SII. Plazo: 1 de julio de 2027.
• ¿Cobras IVA en tus consultas? En general, no. Los servicios sanitarios con finalidad terapéutica están exentos por el artículo 20.1.3 de la LIVA.
• ¿Tienes algún servicio que sí lleva IVA? Posiblemente. Medicina estética sin finalidad terapéutica: 21%. Blanqueamiento dental estético: 21%. Botox cosmético: 21%.
• ¿Retención de IRPF? Al 15% cuando facturas a clínicas, hospitales u otras entidades. Sin retención cuando facturas directamente a pacientes particulares.
• ¿Tus facturas exentas necesitan un campo especial en VeriFactu? Sí. La causa de exención es obligatoria en el registro.

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La regla base: finalidad terapéutica = exento de IVA

El artículo 20.1.3 de la Ley 37/1992 (LIVA) exime de IVA los servicios de asistencia sanitaria, diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades prestados por médicos, odontólogos y otros profesionales sanitarios.

El criterio es uno: finalidad terapéutica.

Si el servicio diagnostica, trata, cura o previene una enfermedad, está exento. Da igual que la consulta sea en clínica privada, en tu propia consulta o por videollamada. Da igual que el paciente pague de su bolsillo o con seguro privado.

Lo que importa es para qué se hace. Si el objetivo es mejorar el aspecto físico sin diagnóstico ni tratamiento médico detrás, toca IVA al 21%.

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Qué servicios llevan IVA al 21%

Estos servicios tributan al 21% cuando no hay finalidad terapéutica:

Medicina estética

Una rinoplastia para mejorar la apariencia sin causa médica: 21%. Una rinoplastia para corregir una deformidad congénita o secuela de traumatismo: exenta. La Dirección General de Tributos (DGT) tiene consultas vinculantes sobre esto, y la frontera depende de si hay un diagnóstico previo que justifique la intervención.

En la práctica: si el paciente viene "porque no le gusta" algo, probablemente es 21%. Si viene por una patología funcional o reconstructiva, probablemente es exento. Cuando el caso sea borderline, consulta con tu asesor y documenta el historial clínico.

Botox y toxina botulínica

El botox cosmético (arrugas de expresión sin patología) lleva IVA al 21%. El botox terapéutico (bruxismo, hiperhidrosis, migraña crónica) está exento. Misma sustancia, distinto tratamiento fiscal. Lo que cambia es si hay diagnóstico médico y finalidad terapéutica documentada.

Blanqueamiento dental

El blanqueamiento estético lleva IVA al 21%. Si se realiza como parte de un tratamiento dental restaurador (post-endodoncia, tetraciclinados) podría argumentarse la exención, pero la posición mayoritaria de la DGT es que el blanqueamiento puramente estético no es asistencia sanitaria.

Certificados y revisiones para terceros

El certificado médico para el carné de conducir, el reconocimiento médico laboral y las revisiones de empresa son servicios encargados por terceros (empleador, administración) con fin burocrático, no terapéutico. Posición mayoritaria: 21%. Hay asesores que los consideran exentos, y la DGT no tiene una postura uniforme. Si estos servicios son un volumen relevante en tu facturación, merece la pena pedir una consulta vinculante.

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Informes periciales y certificados médicos: ¿exentos o al 21%?

La postura correcta:

Informes periciales emitidos por el médico (para juicio, para seguros, para incapacidad): exentos. Requieren titulación médica y se basan en conocimiento clínico. La DGT ha confirmado en varias consultas que la exención aplica cuando el perito es médico y el informe tiene base sanitaria.

La posición alternativa (algunos asesores aplican el 21% considerándolos "servicios técnicos"): existe, pero es minoritaria. Si tu asesor te aplica el 21% en informes periciales y eres médico titulado, pídele que te justifique la consulta vinculante en la que se basa.

Certificados de salud para viaje, oposiciones o actividades deportivas: exentos si los emite el médico y hay una exploración real detrás. Cuando implican valoración clínica, no son un trámite burocrático.

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Nutrición clínica vs. consejo dietético

Si eres médico que ofrece consulta de nutrición clínica:

• Exento: cuando hay un diagnóstico médico previo (obesidad mórbida, diabetes, trastornos del comportamiento alimentario) y el servicio forma parte de un tratamiento. Es asistencia sanitaria.
• 21%: cuando el servicio es orientación nutricional para personas sanas que quieren perder peso o comer mejor. Sin diagnóstico, sin finalidad terapéutica.

En la consulta del día a día no siempre es tan claro. Lo que marca la diferencia fiscal es si hay un diagnóstico CIE documentado y si el plan nutricional forma parte de un tratamiento prescrito.

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IRPF: cuándo te retienen y quién retiene

Así funciona la retención de IRPF en tus facturas:

Tipo de retención: 15%

Con más de dos años de actividad, el tipo general es el 15%. Los dos primeros años de alta puedes aplicar el 7% (si cumples las condiciones de nueva alta en el IAE).

Quién retiene:

Las clínicas, hospitales, compañías de seguros y cualquier entidad que te pague. Son pagadores con obligación de practicar retención.

Quién no retiene:

Los pacientes particulares. Cuando un paciente te paga directamente en consulta, no hay retención. Tú mismo liquidas el IRPF a través de los pagos fraccionados trimestrales (modelo 130 o 131 si estás en módulos).

Cómo afecta a la factura:

Si facturas a una clínica privada:

• Base imponible: importe del servicio
• IVA: exento (si aplica)
• Retención IRPF (-15%): se resta del total
• Total a cobrar: base menos retención

Si facturas directamente al paciente:

• Base imponible: importe del servicio
• IVA: exento (si aplica)
• Sin retención
• Total a cobrar: igual a la base

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Facturas exentas en VeriFactu: el campo de causa de exención

Las facturas exentas de IVA no se registran igual que las facturas con IVA cero o no sujetas. En VeriFactu, cada registro de factura tiene un campo de causa de exención que es obligatorio cuando el tipo impositivo es "exento".

Para los servicios sanitarios del artículo 20.1.3 LIVA, la causa de exención correcta es E6 ("Artículo 20 de la Ley del IVA").

Las causas más habituales que verás en tu software:

| Código | Descripción | |--------|-------------| | E1 | Exenta por el artículo 20 LIVA (operaciones interiores) | | E2 | Exenta por los artículos 21, 22, 23, 24 y 25 LIVA (exportaciones) | | E6 | Exenta por otros motivos (artículo 20 para servicios sanitarios, educativos, etc.) |

La nomenclatura puede variar según el software. Lo que importa es que el campo esté informado y apunte al artículo 20 LIVA. Si lo dejas vacío en una factura exenta, el registro VeriFactu queda incompleto y puede darte problemas.

En las facturas con IVA al 21% (medicina estética, blanqueamiento estético), el campo de causa de exención va vacío. Se informa el tipo impositivo y la cuota como siempre.

Puedes leer más sobre cómo funcionan los registros VeriFactu en qué lleva el código QR de una factura VeriFactu y sobre los plazos y sanciones en VeriFactu 2027: fechas y multas.

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Ejemplo de factura: consulta privada + informe pericial

Tres ejemplos concretos.

Ejemplo 1: Consulta médica privada a paciente particular

Dr. Alejandro Ruiz, médico autónomo de medicina general. Factura a un paciente una consulta de revisión anual.

FACTURA 2026-047
Fecha: 15/04/2026

Emisor: Dr. Alejandro Ruiz García
NIF: 12345678A
Colegiado n.º: 28-12345

Receptor: María Fernández López
NIF: 98765432B

Descripción: Consulta médica - revisión anual
Base imponible: 80,00 €
IVA: Exento (art. 20.1.3 LIVA)
Retención IRPF: No aplica (persona física)

TOTAL: 80,00 €

[Código QR VeriFactu]
Veri*Factu — Factura verificable en la Sede Electrónica de la AEAT

Ejemplo 2: Informe pericial médico para aseguradora

La misma consulta del Dr. Ruiz emite un informe pericial para una compañía de seguros (persona jurídica).

FACTURA 2026-048
Fecha: 18/04/2026

Emisor: Dr. Alejandro Ruiz García
NIF: 12345678A

Receptor: Seguros Mapfre S.A.
CIF: A36000476

Descripción: Informe pericial médico - valoración daño corporal
Base imponible: 350,00 €
IVA: Exento (art. 20.1.3 LIVA)
Retención IRPF (15%): -52,50 €

TOTAL A COBRAR: 297,50 €

[Código QR VeriFactu]
Veri*Factu — Factura verificable en la Sede Electrónica de la AEAT

Exento porque lo emite un médico colegiado y requiere valoración clínica. La aseguradora, como entidad pagadora, retiene el 15%.

Ejemplo 3: Tratamiento de medicina estética sin finalidad terapéutica

Clínica estética (médica colegiada) factura un tratamiento de relleno de labios a una paciente particular.

FACTURA 2026-049
Fecha: 22/04/2026

Emisor: Dra. Carmen Molina Vega
NIF: 11223344C
Colegiada n.º: 28-67890

Receptor: Laura Sánchez Torres
NIF: 55667788D

Descripción: Tratamiento de relleno labial con ácido hialurónico (finalidad estética)
Base imponible: 400,00 €
IVA (21%): 84,00 €
Retención IRPF: No aplica (persona física)

TOTAL: 484,00 €

[Código QR VeriFactu]
Veri*Factu — Factura verificable en la Sede Electrónica de la AEAT

Aquí no hay finalidad terapéutica, así que IVA al 21%. Sin retención porque el receptor es un particular.

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Errores más comunes al facturar como médico o dentista

Aplicar exención a todo de forma automática

La exención del artículo 20.1.3 LIVA no es una patente de corso. Cada servicio necesita finalidad terapéutica para beneficiarse de ella. Si aplicas exención al blanqueamiento estético o a la medicina estética sin justificación, te expones a sanciones en inspección.

No informar la causa de exención en el registro VeriFactu

En VeriFactu, una factura exenta sin causa de exención es un registro incompleto. Tu software tiene que permitirte configurar esto.

Confundir "sin IVA" con "exento"

"Exento" significa que la operación está sujeta al IVA pero la ley la libera de tributar. "No sujeto" significa que la operación no entra dentro del ámbito del IVA. Son categorías distintas en el registro VeriFactu y en el modelo 303.

No retener a clínicas porque "el IVA ya está exento"

IVA e IRPF van por separado. Una factura puede estar exenta de IVA y llevar retención de IRPF si el receptor es una entidad.

Emitir facturas simplificadas (tickets) a pacientes que las necesitan para deducirse

Si un paciente necesita la factura completa para reembolso de seguro o deducción médica, tiene derecho a pedirla. Los tickets no sirven para todos los fines. Emite factura completa con datos del receptor cuando te la pidan.

No registrar las operaciones exentas en el modelo 303

Las operaciones exentas sí van en el modelo 303, en la casilla de operaciones no sujetas o exentas. Si no las declaras, tu 303 no cuadra con tus registros VeriFactu.

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Preguntas frecuentes

¿Tengo que cobrar IVA en mi consulta médica privada?

En general, no. Los servicios de asistencia sanitaria, diagnóstico, prevención y tratamiento prestados por médicos y dentistas colegiados están exentos de IVA según el artículo 20.1.3 de la LIVA. La condición es que el servicio tenga finalidad terapéutica. Consultas de medicina general, intervenciones quirúrgicas con indicación médica y tratamientos odontológicos restauradores son exentos.

¿La medicina estética siempre lleva IVA al 21%?

No siempre. Depende de la finalidad. Si la intervención es reconstructiva o terapéutica y está documentada (secuelas de accidente, deformidad congénita, patología funcional), puede ser exenta. Si es puramente estética, tributa al 21%. La DGT tiene consultas vinculantes sobre casos concretos. Ante la duda, pide una consulta vinculante.

¿Los informes periciales médicos llevan IVA?

La postura mayoritaria, respaldada por la DGT en varias consultas vinculantes, es que no. Los informes periciales de médicos colegiados están exentos por el artículo 20.1.3 LIVA, ya que requieren titulación sanitaria y valoración clínica. Algunos asesores aplican el 21% por considerarlos servicios técnicos, pero es minoritario. Si tu asesor te aplica IVA en los periciales, pídele la consulta vinculante que lo justifica.

¿Cuándo tengo que poner retención de IRPF en la factura?

Cuando facturas a una empresa, clínica, hospital, compañía de seguros o cualquier entidad jurídica. El tipo es el 15% (7% los dos primeros años de actividad si cumples las condiciones). No aplicas retención cuando el receptor es un paciente particular. En ese caso, tú liquidas el IRPF trimestralmente a través del modelo 130.

¿Qué tengo que poner en el campo de causa de exención en VeriFactu?

Para los servicios sanitarios exentos por el artículo 20.1.3 LIVA, el código de exención es E6 (u otros códigos que remiten al artículo 20 LIVA, según la nomenclatura de tu software). Este campo es obligatorio en los registros VeriFactu de facturas exentas. Si tu software no te permite informarlo, no cumple con las especificaciones técnicas del sistema.

¿Tengo que adaptar mi software a VeriFactu aunque todas mis facturas sean exentas de IVA?

Sí. La obligación de VeriFactu no depende de si cobras IVA o no. Si usas software de facturación, ese software tiene que cumplir con el Real Decreto 1007/2023 desde el 1 de julio de 2027. Las facturas exentas también se registran y generan el hash encadenado y el código QR.

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Fuentes: Ley 37/1992 del IVA (art. 20.1.3), Consultas vinculantes DGT (V1562-18, V0994-17, entre otras), Real Decreto 1007/2023 (RRSIF), Orden HAC/1177/2024, Agencia Tributaria (agenciatributaria.gob.es)

Lee también: certificado digital para VeriFactu, requisitos VeriFactu para autónomos y pymes y VeriFactu 2027: fechas y multas.