Cómo facturar como fisioterapeuta autónomo: IVA exento o no

La línea entre rehabilitación y bienestar que más confunde a los fisios autónomos

Si eres fisioterapeuta autónomo, probablemente ya sabes que "la fisioterapia está exenta de IVA". Y es verdad, pero solo en parte. La exención no depende de quién eres, sino de qué estás haciendo en cada sesión. Un masaje de relajación y una pauta de rehabilitación post-operatoria son servicios muy distintos a ojos de Hacienda, aunque los haga la misma persona con las mismas manos.

Aquí te explico cómo diferenciarlos, cómo facturarlos y qué cambia con VeriFactu.

---

Checklist rápido para fisioterapeutas autónomos

Antes de entrar en detalle, esto es lo que necesitas tener claro:

• Si estás dado de alta como autónomo en el epígrafe de fisioterapia (IAE 761), aplicas exención de IVA en los servicios con finalidad terapéutica
• Los masajes de bienestar, relajación y estética tributan al 21% aunque los hagas tú
• El IRPF es del 15% cuando facturas a clínicas, centros deportivos o empresas. Cero cuando cobras a pacientes particulares directamente
• VeriFactu te afecta desde el 1 de julio de 2027 si eres autónomo persona física
• Tu software de facturación debe generar un registro con huella digital (hash) y código QR en cada factura
• Las facturas con IVA exento también entran dentro de VeriFactu, no quedan fuera por ser exentas

---

Cuándo tu servicio está exento de IVA

La exención que aplica a los fisioterapeutas viene del artículo 20.1.3 de la Ley del IVA. El texto dice que están exentas las prestaciones de servicios de asistencia sanitaria, odontológica y curas termales cuando están realizadas por personas con titulación habilitante y tienen finalidad terapéutica.

Esas dos condiciones tienen que darse juntas: titulación + finalidad terapéutica.

Titulación habilitante: el grado en Fisioterapia (o la diplomatura previa) con colegiación activa en el Colegio de Fisioterapeutas de tu comunidad. Sin colegiación, la exención queda en terreno complicado. Colegiado y dado de alta en el IAE correspondiente: condición necesaria.

Finalidad terapéutica: esta es la parte que genera más confusión. Una sesión tiene finalidad terapéutica cuando el objetivo es diagnosticar, tratar o prevenir una enfermedad o lesión. Esto incluye:

• Rehabilitación post-operatoria (prótesis de cadera, cirugía de rodilla, hombro, etc.)
• Tratamiento de lesiones musculoesqueléticas con diagnóstico: hernias, contracturas, tendinitis, escoliosis
• Fisioterapia neurológica (ictus, Parkinson, esclerosis múltiple)
• Fisioterapia respiratoria (EPOC, post-COVID, asma)
• Fisioterapia pediátrica con prescripción
• Fisioterapia en embarazo y post-parto con seguimiento clínico
• Tratamientos derivados desde médico o especialista (el volante no es obligatorio como tal, pero la derivación refuerza la exención)

---

Cuándo aplica el 21%: masaje, bienestar y deporte sin prescripción

La exención no cubre todo lo que hace un fisioterapeuta. Cuando el servicio no va dirigido a tratar una enfermedad o lesión, la AEAT lo considera bienestar o estética, y tributa al 21%.

Servicios que no están exentos:

• Masaje deportivo de mantenimiento sin lesión activa (el futbolista que viene cada semana "por si acaso")
• Masaje de relajación o descontracturante sin proceso clínico de fondo
• Masaje estético o anticelulítico
• Técnicas de bienestar: reflexología, drenaje linfático estético (sin diagnóstico de edema patológico)
• Asesoramiento postural preventivo no vinculado a tratamiento activo

La pregunta que te tienes que hacer es sencilla: ¿hay una patología o lesión que estoy tratando? Si no, va con el 21%.

---

La zona gris: lesiones deportivas sin volante médico

El caso más habitual y más confuso. Un corredor viene con tendinitis rotuliana. No ha ido al médico, no tiene diagnóstico formal, pero la lesión es real y tú la evalúas y la tratas. ¿Exento o 21%?

Los asesores fiscales se dividen en dos posiciones razonables:

Posición conservadora: si no hay diagnóstico médico documentado, aplica el 21%. El razonamiento es que sin prueba de la patología, Hacienda podría cuestionar la finalidad terapéutica en una inspección.

Posición liberal: si el fisioterapeuta evalúa y diagnostica una lesión objetiva, la exención aplica independientemente de si hay derivación médica previa. El fisioterapeuta está habilitado para diagnosticar dentro de su ámbito competencial.

Ninguna de las dos es "la respuesta correcta". La DGT ha emitido consultas vinculantes en sentido restrictivo (exigiendo finalidad terapéutica clara), pero no ha cerrado el debate sobre lesiones deportivas sin derivación.

Lo que hacen muchos fisios en la práctica: distinguen entre pacientes que vienen con una lesión activa que han evaluado (exento) y pacientes que vienen por mantenimiento o bienestar sin proceso clínico (21%). Y documentan el historial de cada paciente para poder justificarlo.

Si tienes dudas sobre tu caso concreto, una consulta con tu asesor fiscal vale lo que cuesta.

---

IRPF: clínicas vs pacientes particulares

El IRPF en las facturas de un fisioterapeuta autónomo funciona igual que en la mayoría de profesionales sanitarios:

Cuando facturas a un particular (paciente que te paga directamente): no incluyes retención de IRPF. El particular no tiene obligación de retener. Tu factura lleva el importe del servicio y ya.

Cuando facturas a una empresa o entidad (clínica privada, mutua, centro deportivo, ayuntamiento): la empresa te retiene el 15% de IRPF y lo ingresa en Hacienda en tu nombre. Aparece en la factura como una retención negativa que reduce lo que te pagan, no lo que cobras en total.

El 15% es el tipo estándar para profesionales. En el primer año de actividad y los dos siguientes puedes aplicar el 7% reducido, siempre que no hayas ejercido como autónomo en los cuatro años anteriores.

---

Ejemplo de factura: sesión de rehabilitación exenta vs masaje deportivo gravado

Dos facturas del mismo profesional, el mismo día, para que veas la diferencia.

Factura 1: rehabilitación post-operatoria (IVA exento)

FACTURA Nº F-2026-041
Fecha: 09/04/2026
Fisioterapeuta: Laura Gómez Martínez
CIF: 45XXXXXXX
Colegiada nº: MAD-4821

PACIENTE: Ramón Sánchez (NIF: 78XXXXXXX)

Concepto:
Sesión de fisioterapia - Rehabilitación post-artroscopia de rodilla
(10 sesiones del plan de tratamiento. Diagnóstico: rotura parcial LCA)

Base imponible:     450,00 €
IVA (exento art. 20.1.3 LIVA):  0,00 €
IRPF (no procede - paciente particular):  0,00 €

TOTAL A PAGAR:  450,00 €

La factura incluye la referencia al artículo legal de la exención. No es obligatorio, pero deja las cosas claras para el paciente y para ti si alguna vez hay que justificarlo.

Factura 2: masaje deportivo de mantenimiento (IVA 21%)

FACTURA Nº F-2026-042
Fecha: 09/04/2026
Fisioterapeuta: Laura Gómez Martínez
CIF: 45XXXXXXX

CLIENTE: Club Deportivo Vallehermoso (CIF: G-XXXXXXX)

Concepto:
Masaje deportivo preventivo - 4 sesiones mensuales
(Programa de recuperación activa para deportistas federados,
sin proceso clínico activo)

Base imponible:     280,00 €
IVA (21%):          58,80 €
IRPF (15%):        -42,00 €

TOTAL A PAGAR:     296,80 €

Aquí hay IVA porque es mantenimiento deportivo, no tiene finalidad terapéutica. Y retención del 15% porque el cliente es una entidad jurídica.

---

Errores más comunes en la facturación de fisioterapeutas

1. Exención en bloque sin distinguir el tipo de servicio. Ya lo dijimos arriba, pero merece repetirlo. Si mezclas servicios exentos y gravados y lo facturas todo igual, tienes un problema. La exención es por servicio, no por profesión.

2. No incluir la retención de IRPF al facturar a clínicas. Si llevas tiempo facturando solo a particulares, es fácil olvidarse de la retención cuando empiezas a trabajar con una clínica o mutua. Te van a devolver la factura.

3. Pensar que las facturas exentas no entran en VeriFactu. VeriFactu afecta a todas las facturas, exentas o no. Si tu software solo genera registros VeriFactu en las facturas con IVA, no cumple.

4. No documentar la finalidad terapéutica en la zona gris. Si tratas lesiones deportivas sin derivación médica y aplicas exención, lleva un historial clínico mínimo de cada paciente. No es para Hacienda directamente, sino para poder justificarlo si te preguntan.

5. Usar plantillas de Word o Excel para facturar. Desde julio de 2027, las facturas tienen que generarse con software que registre cada una con huella digital encadenada y código QR verificable. Una plantilla de Word no hace eso, por mucho que la cuides.

---

Cómo te afecta VeriFactu en la práctica

VeriFactu no cambia lo que facturas ni a quién. Cambia cómo lo genera tu software.

Desde el 1 de julio de 2027 (para autónomos persona física), tu programa de facturación tiene que:

• Generar un registro encadenado por cada factura emitida, con una huella digital (hash) que depende de la factura anterior
• Incluir un código QR en cada factura que permita verificarla en la sede electrónica de la AEAT
• No permitir modificar o eliminar facturas sin dejar traza (nada de borrar una factura como si no hubiera existido)

Conteo registra cada factura con hash y QR en el momento en que la creas. El registro queda firmado y encadenado automáticamente. No envía nada a Hacienda sin que tú lo decidas, pero deja preparada la cadena de registros que la normativa exige.

Si quieres entender qué es el código QR que exige VeriFactu, lee qué es el código QR en las facturas VeriFactu. Los plazos y multas en detalle están en fechas clave y sanciones de VeriFactu 2027.

Los requisitos técnicos que debe cumplir tu software están en la guía de requisitos VeriFactu para autónomos y pymes. Y si todavía no tienes el certificado digital para firmar registros: certificado digital para VeriFactu.

Si eres médico o dentista, las reglas de exención sanitaria son prácticamente las mismas. Puedes ver los matices en cómo facturar como médico o dentista con VeriFactu.

---

---

Preguntas frecuentes

¿Tengo que cobrar IVA por las sesiones de fisioterapia?

Depende del servicio. Las sesiones con finalidad terapéutica (rehabilitación, tratamiento de lesiones, fisioterapia neurológica o respiratoria) están exentas de IVA por el artículo 20.1.3 de la Ley del IVA. Los masajes de bienestar, relajación o mantenimiento deportivo sin proceso clínico activo tributan al 21%. Lo que importa es la finalidad de cada servicio, no tu titulación.

¿Necesito un volante médico para aplicar la exención de IVA?

La ley no lo exige. La exención depende de la finalidad terapéutica del servicio y de tu titulación como fisioterapeuta colegiado. Eso sí, tener documentado el proceso clínico (diagnóstico, historial del paciente, derivación médica si existe) te protege ante una inspección. En la zona gris de las lesiones deportivas sin prescripción, la documentación es lo que te salva.

¿Cuándo tengo que poner retención de IRPF en mis facturas?

Cuando el cliente es una entidad jurídica: clínicas, centros deportivos, mutuas, aseguradoras, ayuntamientos. La retención estándar es del 15%. En tus tres primeros años de actividad puedes aplicar el 7% reducido si no has ejercido como autónomo en los cuatro años anteriores. A pacientes particulares no les pones retención, no están obligados a retener.

¿Las facturas exentas de IVA también tienen que cumplir VeriFactu?

Sí. VeriFactu afecta a todas las facturas, lleven IVA o no. Tu software tiene que generar el registro con hash encadenado y código QR en cada factura, exenta o gravada. El plazo para autónomos persona física es el 1 de julio de 2027.

Trabajo en una clínica como autónomo dependiente. ¿Me afecta VeriFactu igual?

Si emites facturas a nombre propio (a la clínica o a los pacientes), sí. VeriFactu aplica a quien emite facturas, no a quien las recibe. Si la clínica emite todas las facturas y tú solo recibes una liquidación, la responsabilidad es de la clínica, no tuya. Conviene dejarlo claro por contrato.